Läänemere tõsiseim probleem on eutrofeerumine, mis on inimeste põhjustatud toitainekoormuse tagajärg. Toitained jõuavad veekogudesse näiteks põllumajandusest, asulate reoveest ja õhusaaste sadenemise kaudu. Kõige tugevamat eutrofeerumist põhjustavad lämmastik ja fosfor. Soome lahte jõuab igal aastal ligikaudu 600 tonni fosforit ja 13 000 tonni lämmastikku. Nende peamine allikas on põllumajandus, kust pärineb 60% Soome lahte jõudvast fosforist ja 47% lämmastikust. Asulareoveest pärineva fosfori ja lämmastiku kogus on tänu reoveepuhastusele oluliselt vähenenud.
Põllumaade erosiooni ja toitainete väljaleostumist saab ära hoida sellega, kui tagada piisavalt laiade kaitseribade ja -vööndite olemasolu. Kaitsevööndid on põllumaale jõgede ja teiste veekogude kaitseks jäetud taimkattega alad. Kaitsevööndi taimestik peab kinni toitaineid ning muudab looduse ja maastiku mitmekesisemaks.
Piki kraavikaldaid rajatud märgalad peavad tõhusalt kinni põldudelt kanduvaid toitaineid ja suurendavad looduse mitmekesisust. Samuti hajutavad nad üleujutuste ja äravoolu kõrgpunkte, mis vähendab neist põhjustatud erosiooni. Väikesel valgalal võib väikegi märgala kinni hoida kohalikul tasandil olulise koguse toitaineid. Et märgala piisavalt toitaineid kinni peaks, peab see olema valgala suuruse kohta piisavalt suur ja vee juurdevool märgalale peab olema piisavalt aeglane. Veevoolu aeglustavad looked, veealused paisud ja taimestikuvööndid.
Me kasutame iga päev mitmesuguseid kemikaale, mis jõuavad lõpuks välja veekogudesse. Pesuvahendid, kosmeetikatooted ja muud majapidamiskemikaalid sisaldavad palju eri aineid, millest mõned on kasulikud ja ohutud, teised aga ohtlikud või lausa mürgised. Reoveepuhastus on küll muutunud palju tõhusamaks, ent puhastusprotsess ei lagunda kõiki kemikaale. Väiksedki keskkonnaohtlike kemikaalide kogused võivad kahjustada veekogusid. Need kemikaalid võivad keskkonnas aeglaselt või üldse mitte laguneda ja toiduahelat pidi edasi kandudes organismidesse kuhjuda.
Läänemerre jõudvaid kahjulike ainete koguseid saad vähendada, kui kasutad vähem kemikaale. Väldi tugevate kemikaalide kasutamist ja kasuta nende asemel ohutuid ökomärgisega aineid, mis looduses lagunevad. Vaipu ei tohi pesta veekogus ja tuleb hoolitseda selle eest, et pesuvett ei satuks otse veekogusse.
Eutrofeerumist suurendab ka vette urineerimine. Paadiretkel tühjenda paadi käimlat sadama jäätmekogumispunktis. Suvekodu jaoks on parim valik kuivkäimla või kompostiv käimla, sest kompostimine võimaldab toitaineid taaskasutada.
Läänemerre jõuavad ka mitmesuguste ravimite jäägid. Ravimid, mida me kasutame, erituvad kehast uriiniga, mis rändab kanalisatsioonitorusid pidi reoveepuhastisse. Ravimijääke on puhastusprotsessis raske veest kõrvaldada ja nii kanduvad need lõpuks väikestes kogustes veekogudesse.