Itämeren pahimpia ongelmia on rehevöityminen, joka on seurausta ihmistoiminnan aiheuttamasta ravinnekuormituksesta. Sitä aiheutuu muun muassa maataloudesta, yhdyskuntien jätevesistä ja ilmasta tulevasta laskeumasta. Merkittävimmät rehevöitymistä aiheuttavat ravinteet ovat typpi ja fosfori. Suomesta päätyy Suomenlahteen noin 600 tonnia fosforia ja 13 000 tonnia typpeä vuosittain. Suurin kuormituksen lähde on maatalous, joka aiheuttaa 60 % fosforikuormasta ja 47 % typpikuormituksesta Suomenlahdella. Suomessa yhdyskuntien jätevesien fosfori- ja typpikuormitus on vähentynyt tehostuneen jätevedenpuhdistuksen ansiosta.
Eroosiota ja pelloilta valuvia ravinnehuuhtoutumia voidaan ehkäistä huolehtimalla riittävän leveistä suojakaistoista ja -vyöhykkeistä. Suojavyöhykkeet ovat peltoalueille jokien ja muiden vesistöjen varteen perustettavia kasvillisuuden peittämiä alueita. Suojavyöhykkeen kasvillisuus sitoo ravinteita ja lisää luonnon ja maiseman monimuotoisuutta.
Ojan varrelle rakennettu kosteikko pidättää tehokkaasti pelloilta valuvia ravinteita ja lisää luonnon monimuotoisuutta. Kosteikot tasaavat myös tulvahuippuja ja virtaamia, jolloin niiden aiheuttama eroosio vähenee. Jo pienikin kosteikko pienellä valuma-alueella voi olla paikallisesti merkittävä ravinteiden pidättäjä. Jotta kosteikko pidättää riittävästi ravinteita, sen tulee olla riittävän suuri valuma-alueeseensa nähden ja veden virtauksen siihen riittävän hidasta. Mutkat, pohjapadot ja kasvillisuusvyöhykkeet hidastavat veden kulkua.
Käytämme päivittäin useita erilaisia kemikaaleja, jotka lopulta päätyvät vesistöihin. Pesuaineet, kosmetiikka ja muut kodin kemikaalit sisältävät monia aineita, joiden joukossa on sekä hyödyllisiä että haitattomia aineita, mutta myös haitallisia tai jopa myrkyllisiä aineita. Vaikka jäteveden puhdistaminen on tehostunut, kaikki kemikaalit eivät hajoa puhdistusprosesseissa. Ympäristölle haitalliset aineet voivat vaikuttaa vesistöissä jo pieninä pitoisuuksina. Niiden hajoaminen ympäristössä voi olla hidasta tai ne eivät hajoa lainkaan, ne voivat kertyä eliöihin ja rikastua ravintoketjussa.
Itämereen päätyvän kuormituksen määrää voit pienentää vähentämällä käyttämiesi kemikaalien määrää. Vältä voimakkaiden kemikaalien käyttöä ja käytä mietoja, luonnossa hajoavia ja ympäristömerkittyjä tuotteita. Matot kannattaa pestä maalla ja huolehtia, että muitakaan pesuvesiä ei pääse suoraan vesistöihin.
Mereen tai järveen pissaaminenkin lisää rehevöitymistä. Veneillessä tyhjennä veneen käymälä sataman keräyspisteisiin. Kesämökeillä kuiva- ja kompostikäymälät ovat paras ratkaisu, sillä kompostoimalla ravinteet saadaan takaisin kiertoon.
Itämereen päätyy myös erilaisia lääkejäämiä. Käyttämämme lääkeaineet erittyvät virtsaan ja päätyvät viemärin kautta vedenpuhdistamoille. Puhdistusprosesseissa lääkejäämiä on vaikea saada pois, joten pieni osa lääkeaineista pääsee kulkeutumaan myös vesistöihin.